プラットフォームの開発運営

日本ノードでは、神経科学の中のテーマ毎に全国の大学、研究所などの研究教育に関わる皆さまと共同研究契約を結び、ニューロインフォマティクスの研究開発基盤としてのweb上のデータベースの開発をしています。このようなweb上のデータベースを日本ノードではプラットフォーム (略称PF)と呼んでいます。共同研究のプロジェクト毎に参加者がプラットフォーム委員会を構成し、それぞれのテーマでのプラットフォーム開発を進めています。現在までに、下記のようなプラットフォームの開発が進められ、公開利用されています。

なお、理研では本開発プログラムは2019年3月に終了しておりますが, アーカイブ化または移設により基本的に公開利用が継続されています。

 

以下のPF委員長および委員会名簿は2018年度時点のものです。

ニューロイメージング プラットフォーム (NIMG-PF)

脳活動イメージング

ニューロイメージングプラットフォーム (NIMG-PF) は脳機能イメージング関連情報を収集しています。初学者向け教育教材、熟練研究者向け論文検索データベース (脳活動部位からの論文検索) 等、脳研究に役立つコンテンツを提供しています。

ニューロイメージング プラットフォーム委員会
委員長 柏岡 秀紀 (情報通信研究機構)

Visiome プラットフォーム (Visiome PF)

視覚科学

視覚系脳機能を総合的に理解するために、電気生理、分子生物、オプティカルイメージング、脳イメージング、心理など様々な分野の研究成果を統合し、広く共有することを目指しています。

Visiome プラットフォーム委員会
委員長 佐藤 俊治 (電気通信大学)
 

ダイナミック ブレイン プラットフォーム (DB-PF)

脳の行動原理、細胞、局所回路脳全域、行動、実験的計算論

脳の動的原理を解明することを目的として、細胞、局所回路、脳全域、行動などの様々なレベルでの実験的計算論的アプローチの統合的な研究を推進します。これらの研究から生命の自律性と情報創成の原理を捉え、さらに自然や人間社会の複雑性の理解を進めることを目指します。

ダイナミック ブレイン プラットフォーム委員会
委員長 我妻 広明 (九州工業大学) 

小脳プラットフォーム (Cerebellar PF)

小脳、実験、理論

小脳研究のためのデジタル研究アーカイブを小脳PF(旧)として公開しています。 利用可能な資源には、現代の小脳研究のミニレビュー、論文リストおよび小脳活動の数理モデルを揃えています。 2018 年に新たに小脳研究者用プラットフォームとして小脳PF(新)を公開しました。研究情報の交換にご利用下さい。

小脳プラットフォーム委員会
委員長 筧 慎治 (東京都医学総合研究所)

脳トランスクリプトームデータベース(BrainTx)

分子・細胞神経科学

脳神経系の様々な局面(脳の発達、機能、機能障害など)の遺伝的基盤となるトランスクリプトーム(全遺伝子発現=全転写)の公開されているビッグデータや関連情報を可視化したり解析したりするための統合的なプラットフォームです。

BrainTx プラットフォーム委員会
委員長 古市 貞一 (東京理科大学)

ViBrism データベース(ViBrism DB)

ViBrismという名称はVirtual Brain with 3D-ISM (3D-ISMデジタル脳)に由来します。脳活動の基盤を支える遺伝子の分布を、トランスクリプトーム・トモグラフィー(TT法)で網羅的に3次元にマップした、発現地図のデータベースを収容したプラットフォームです。脳マウス脳について、36,000地図が登録されています。これらを遺伝子名で検索が可能で、その3次元画像をブラウザー上で閲覧でき、更にデスクトップでの解析用にソフトウエアとデータファイルをダウンロードすることができます。また、遺伝子間の発現分布類似性も検索できます。

ViBrism データベース委員会
委員長 於保 祐子 (理化学研究所 / BReNt-ブレインリサーチネットワーク)

マウス表現型データベース (MP-DB)

脳科学、神経科学、行動学、遺伝学

マウス表現型データベースには各種の遺伝子改変マウスの網羅的行動解析によって取得された個々のマウスの生データが登録されています。当データベースは包括脳プラットフォームにより運営されています。

マウス表現型データベース委員会
委員長 宮川 剛 (藤田保健衛生大学)

比較神経科学プラットフォーム (CNS-PF)

CNS-PF logo神経科学、神経行動学、動物学、昆虫科学生物学、バイオメティックス、生物教育

比較神経科学的観点からの各種動物の感覚・脳・行動に関するデータベースです。無脊椎動物脳プラットフォーム(IVB-PF)より2018年に移行し、現在新旧サイト共に並列公開しています。日本比較生理生化学学会との連携で開発・運用を行っています。

比較神経科学プラットフォーム委員会

委員長 神崎 亮平 (東京大学)

KANPHOS プラットフォーム(KANPHOS)

KANPHOSプラットフォームは、リン酸化シグナルデータベースとして、細胞内シグナル伝達において重要な役割を担うリン酸化酵素がどのような基質タンパク質を修飾しているのかという情報を中心に、それら酵素・基質の機能や関連疾患に関する情報をワンストップで検索可能な情報基盤システムの構築を目指しています。KANPHOSという名称は、Kinase-Associated Neural Phospho-Signalingの頭文字から名付けられました。

KANPHOS  プラットフォーム委員会
委員長 貝淵 弘三 (名古屋大学)
 

CBS ニューロインフォマティクス (CBS-NI)

脳科学データ・ツール

理化学研究所 脳科学総合研究センターの研究成果を公開するオリジナルデータベースとして2007年にBSI-NIが開設されました。2018年4月より理化学研究所 脳神経科学研究センターに引き継がれ、CBS-NIの名称で継続管理しています。

管理運用 神経情報基盤開発ユニット (理化学研究所)

シミュレーションプラットフォーム (Sim-PF)

モデルシミュレーション、仮想マシン

シミュレータ、データ解析ソフトなどのアプリケーションを備えた仮想マシンをWebブラウザ上で利用できる環境を提供し、その上で様々な数理モデルが実行できるシステムです。Webブラウザにおいて各プラットフォームやModelDBサイトに登録してある数理モデルを直ちに実行することができます。

シミュレーションプラットフォーム委員会
委員長 池野 英利 (兵庫県立大学)

脳科学辞典 (BSD)

脳科学一般

脳科学辞典は、脳科学分野の約1,000個の用語を解説し、無償で公開するサイトです。利用者としては脳科学分野で研究活動を行っている、または行おうとしている学生と研究者を主に想定しています。脳科学は大きな広がりを持った分野ですので、使われる用語も極めて多岐にわたってます。一線の研究者であっても、自分の専門分野から離れた分野には知らない用語がままあります。自分の専門分野から離れた分野の用語の内容をインターネット上で簡単に勉強することができれば、研究者としての成長に、さらに質の高い研究の創造に大きく役立つと期待します。用語の解説に当たっては、それぞれの用語が最も頻繁に使われる分野から最も遠い分野の学生・研究者にも容易に理解でき、かつ最近の研究動向についての知識もある程度得られるような記述を心がけました。編集と執筆は全て無償のボランティア活動です。解説内容に対する責任を明確にするために、執筆者は編集委員会で選定し、各用語解説に執筆者と担当編集者の名前を書き加えました。利用者からの新規解説用語の提案も歓迎します。

脳科学辞典委員会
委員長 林 康紀 (京都大学)
 

オープンニューロ リポジトリー (OpenNeuro)

OpenNeuro Logo一般神経科学研究者の研究データリポジトリー

INCF日本ノードプラットフォームOpenNeuroは実験科学から計算論まで神経科学分野 の一般研究者の研究データを公開して広く共有するためのリポジトリーです。2018年 夏にサービスを開始いたします。取り扱うデータとしては査読つきの学術誌や学会予 稿で公開されている論文・アブストラクトに付随する研究データといたします。本 サービスはデータの公開によって神経科学の発展を促進することを目的とするもので す。公開された論文・アブストラクトで使用された、または解析されたもので、次の ような研究データの種類を推奨いたします。

- 画像イメージや時系列データの全セット

- 視聴覚データ

- 計算論モデル

オープンニューロ委員会
委員長 野村 泰伸 (大阪大学)
 

ブレイン・マシン・インタフェースプラットフォーム (BMI-PF)

神経生理学計算論的神経科学ロボティクス

ブレイン・マシンインタフェースに関する実験データ・数理モデル・研究ツールなどを、神経科学・計算理論・ロボティクスの各分野から集約して、広く共有することを目指しています。

※ 本プラットフォームは2016年度にてプロジェクトを終了しました。現在継続公開しています。

包括脳プラットフォーム (CBSN-PF)

脳科学、神経科学、行動学、遺伝学

包括脳プラットフォームは、以下のデータベースから構成されています。1) 包括脳支援データベースは新学術領域「包括型脳研究推進支援ネットワーク」において支援を行う研究者が情報を公開するとともに支援を受けた研究者についてもその成果とともに情報を公開します。2) 神経科学者SNSは神経科学・脳科学の研究者の情報交換・コミュニケーションの促進を目的としたソーシャルネットワーキングサービスです。3) マウス表現型データベースには各種の遺伝子改変マウスの網羅的行動解析によって取得された個々のマウスの生データが登録されています。

※ 本プラットフォームは2016年度にてプロジェクトを終了しました。現在継続して公開しています。

 


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