J-Node Hackathon 2018 September

J-Node Hackathonは、INCF日本ノードのワーキンググループが主催するニューロインフォマティクスのテーマの一つである、多くの神経科学のデータを計算モデルやツールを用いて統合し推進する共同開発の場です。それぞれのデータベースを運営している日本ノードの各プラットフォームのメンバーの他、革新脳・脳プロ他一般の方にもご参加いただいております。過去のハッカソンの詳細についてはhttps://www.neuroinf.jp/program/j-node-hackathon.htmlをご覧ください。

これまでハッカソンでは画像的な方法・オントロジー的な方法、データベースの連携・利用・標準化などを追及してきましたが、その他にも大量のデータを読み込んでインタラクティブな比較やその他モデリングに落とし込むための様々な段階の提案など、またニューロインフォマティクスに関連のあるそれぞれの持つ開発の持ち込みも歓迎します。

 

リーフレット(日)  リーフレット(英) 

 

開催終了いたしました。ご参加いただきました皆様ありがとうございました。

 

概要

開催日:

 アイデアソン  2018年9月4日(火)10:00 開始 ~ 17:00 頃終了予定

 ハッカソン   2018年9月21日(金)10:30 開始 ~ 23日(日)17:00 頃終了予定

プログラム概要:

 アイデアソン  講演の他、参加者全員がフラッシュトーク(自己紹介等)をし、その後適宜グループディスカッションを行います。

 ハッカソン   21日午前中に自己紹介やグループ決め等を行い、その後開発を行います。また23日15時より成果報告会を行います。

場 所:

 アイデアソン  理化学研究所 脳科学東研究棟1Fセミナー室(和光市広沢2-1)

           東武東上線・東京メトロ有楽町線/副都心線「和光市」駅徒歩20分  http://www.riken.jp/access/wako-map/ 

 ハッカソン   湘南国際村センター(神奈川県三浦郡葉山町上山口1560-39) http://www.shonan-village.co.jp/

  • アクセス http://www.shonan-village.co.jp/access.html
  • JR逗子駅から 9:30 発、京急汐入駅から 9:33 発、YCAT から 8:55 発の湘南国際村センター前行バスのいずれかにご乗車ください。

U R L:https://www.neuroinf.jp/hackathon2018/september.html(随時更新いたします)

講演者:

(Ideathonで講演)

  • 石原 彰人    中京大学  "Development of Neuroinfomatics Tutorial Using SimPF"
  • 狩野 芳伸    静岡大学  "Text Mining Resources for Searching Brain Functions and Coordinates from Neuroscience Papers"
  • 小林 紀郎    理化学研究所  "Towards development of novel brain science data platform through an open science approach"
  • Alexander WOODWARD 理化学研究所  "An Introduction to The Virtual Brain (TVB) and its Application to Non-human Primate Data"

(Hackathonで講演)

  • 吉本 潤一郎   奈良先端科学技術大学院大学  "Toward mining of putative kinase-associated pathways using KANPHOS database"
  • 五十嵐 潤    理化学研究所  "A large-scale simulation of a cortico-thalamo-cerebello circuit using K computer"
                                               (Jun Igarashi, Hiroshi Yamaura, Tadashi Yamazaki)

主催:理化学研究所 脳神経科学研究センター 統合計算脳科学連携部門 神経情報基盤開発ユニット

実行委員会:J-Node Hackathonワーキンググループ

  • 加沢 知毅(グループリーダー)東京大学先端科学技術研究センター
  • 池野 英利 兵庫県立大学環境人間学部
  • 古市 貞一 東京理科大学理工学部
  • 浅井 義之 山口大学大学院医学系研究科
  • 佐藤 明  東京理科大学理工学部
  • 能田 由紀子 ATR-Promotions 脳活動イメージングセンター
  • 奥村 嘉宏 理化学研究所CBS神経情報基盤開発ユニット
  • 石居 伊都子 理化学研究所CBS神経情報基盤開発ユニット
  • 本田 あゆみ 理化学研究所CBS神経情報基盤開発ユニット
  • 山口 陽子 理化学研究所CBS神経情報基盤開発ユニット

事務局:J-Node Hackathon事務局(理化学研究所 脳神経科学研究センター 統合計算脳科学連携部門 神経情報基盤開発ユニット)

募集人数:30名程度

申込方法:こちらのフォームにご記入いただき、以下のアドレス宛お送りください。

お申込み・お問い合わせ先:office@ni.riken.jp (J-Node Hackathon事務局)

参加申込締切:2018年8月27日(月)   ※申込期限延長しました  締め切りました

  • ハッカソンについては原則として全日参加の方に宿泊費(2泊3日)及び食事代(9月21日昼食から23日昼食まで)をサポートいたします。

  • アイデアソン、ハッカソン参加に際し前泊が必要な方は別途ご相談ください。

  • 交通費につきましては自己負担をお願いいたしますが、若干名につきまして支援が可能です。 支援を希望される場合は申込フォームにてご申請下さい。

    ご参加の趣旨が本会の趣旨に沿っているかどうかと支援の必要度とから審査をさせていただき、申込締切後一週間程度で結果をお知らせいたします。

  • ご所属先などから交通費の支給が可能な場合はお願いできれば大変ありがたく存じます。ご負担いただける場合は申込フォームの該当欄にチェックをお願いいたします

  • 学生の方のご参加には指導教員のご了承をいただく必要があります。

    • 申込フォームにチェック欄と指導教員のご氏名、ご連絡先の記載欄がございます。
    • また、申込時に指導教員のメールアドレスをCCに入れていただきますようお願いいたします。
  • 成果物の公開方針は以下となります。
    • あるソフトウェアプラットフォーム上での開発の場合、ライセンスはオリジナルのものに従います。
    • 新規の独自開発の場合は、基本的にオープンソースとして J-Nodeソフトウェアセンターや GitHub などの公開リポジトリにてコードを公開・管理します。
      • ただし、研究倫理等により一部公開できない場合と考えられる場合はご相談ください。
    • 成果物の著作権は開発者に帰属しますが、INCF 日本ノード(神経情報基盤開発ユニット)の活動成果として扱います。
    • 当日の発表でご紹介・ご発表いただいた講演資料についても開発物と同様に可能範囲で J-Node HackathonのWeb サイトにて公開します。
  • 発表言語は自由ですが、資料は英語でご作成いただきます。
  • 部分参加のご希望がありましたらご相談ください。
  • 9/22(土) ハッカソン終了後に意見交換会を予定しています。ぜひご参加ください。(自費参加となります)

Ideathon

 
Day Hour Title Lecturer  

9/4(火)

9:30~ 会場:理研脳センター東棟1Fセミナー室  
10:00~10:05 グループリーダーより挨拶 加沢 知毅(東京大学) PDF
10:05~10:15

Development of Standards for Open Neuroscience

山口 陽子(理化学研究所)  
10:15~11:00 Text Mining Resources for Searching Brain Functions and Coordinates from Neuroscience Papers 狩野 芳伸(静岡大学)  
11:00~11:45 Towards development of novel brain science data platform through an open science approach 小林 紀郎(理化学研究所) PDF
11:45~12:30 昼食  
12:30~13:00 An Introduction to The Virtual Brain (TVB) and its Application to Non-human Primate Data Alexander WOODWARD(理化学研究所)  
13:00~13:30 Development of Neuroinfomatics Tutorial Using SimPF 石原 彰人(中京大学) PDF
13:30~14:30 フラッシュトーク  
14:30~16:30 グループディスカッション  
16:30~17:00 グループディスカッション報告  

  【Flash Talk】
1. 池野 英利(兵庫県立大学)PDF
2. 奥村 嘉宏(理化学研究所CBS)PDF
3. 加沢 知毅(東京大学)PDF
4. 田中 聡至(福岡大学)PDF
5. 田森 佳秀( NPO法人ニューロクリアティブ研究会 )PDF
6. 前田 真秀(理化学研究所CBS)PDF
7. ゴン ルイ(理化学研究所CBS)PDF

Hackathon

 
Day Hour Title Lecturer  

9/21(金)

10:15 会場:湘南国際村セミナー室第2研修室  
10:15~10:20 グループリーダーより挨拶 加沢 知毅(東京大学)  
10:20~10:50 Toward mining of putative kinase-associated pathways using KANPHOS database 吉本 潤一郎(奈良先端科学技術大学院大学) PDF
10:50~11:20  A large-scale simulation of a cortico-thalamo-cerebello circuit using K computer
(Jun Igarashi, Hiroshi Yamaura, Tadashi Yamazaki)
五十嵐 潤(理化学研究所) PDF
11:20~21:00 自己紹介・グループ分け・開発  

9/22(土)

7:00~21:00 開発  

9/23(日)

7:00~15:00 開発  
15:00~16:45 成果報告会  
17:00 閉会  

【Wrap up】

Title Member Wrap up
Construction of the standard brain of the primary auditory center in honeybee Kazuaki GOTO, Yuka UENOHARA, Satoshi TANAKA, Hidetoshi IKENO PDF PDF 
PDF PDF

Multiple Sequence Alignment Tool for KANPHOS Database

Junichiro YOSHIMOTO PDF

Development of an infrastructure to introduce DTI data to neural network models

Jun IGARASHI PDF
Development of MRI metadata in RDF Norio KOBAYASHI, Masahide MAEDA PDF  PDF
昆虫触角葉シミュレーション Buntaro SAKAI, Tomoki KAZAWA PDF
Development of the rat virtual brain (TRVB) for EEG analyses Satoshi OOTA PDF
Continue to update of Simulation Platform Infrasructure Yoshihiro OKUMURA, Yoko MORII, Takayuki KANNON, Keiichiro INAGAKI PDF
Nanozoomer Image Segmentation Alexander WOODWARD, Rui GONG PDF
     
     

その他

 開催後アンケート  

 

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