J-Node / NIDM Joint Hackathon 2016 July

今回はINCF本部との共催で、INCFプログラムとして進められてきたNeuroimaging Data Sharing (NIDASH) Task Forceから講師4名が参加します。同Task Forceが開発したNeuroimaging Data Model (NIDM) は、研究データの再利用と再現性の向上を目的として、semantic webやlinked dataの技術を駆使し、メタデータの記述、解析方法の記録、データの再利用のための検索の標準化手法・ツールを提供するものです。当日は、これらのチュートリアルや、関連したプログラムの開発を行います。また、日本ノードハッカソンとしてこれまで進めて来たソフトウェアについても、NIDMとの接点を探る他、継続開発を実施予定です。

データ共有の標準化の最先端の技術に興味をお持ちの方、日本ノードの一部、もしくは日本ノードをパートナーとして開発を行う方、その他ニューロインフォマティクスの開発を体験してみたい方など、ご興味をお持ちの方は、どなたでもご参加いただけます。皆様のご参加をお待ちしております。

開催終了いたしました。ご参加いただきました皆様ありがとうございました。

概要

開催日:2016年7月23日(土)10:30 開始 ~ 25日(月)17:00 頃終了予定  (終了)

プログラム概要:23日はNIDMの講師等による講演の他、参加者全員が自己紹介をし、その後適宜グループを作って、講習・開発を行います。

(講師)

  • Jean-Baptiste Poline(University of California, Berkeley)   
  • Satrajit Sujit Ghosh(McGovern Institute for Brain Research)
  • David Keator(University of California, Irvine)
  • Nolan Nichols(SRI International)
  • 加沢 知毅(東京大学)
  • 池野 英利(兵庫県立大学)
  • Alexander Woodward(理化学研究所)

場 所:湘南国際村センター(神奈川県三浦郡葉山町上山口1560-39) http://www.shonan-village.co.jp/

  • アクセス http://www.shonan-village.co.jp/access.html
  • JR逗子駅から 9:30 発、京急汐入駅から 9:33 発、YCAT から 8:55 発の湘南国際村センター前行バスのいずれかにご乗車ください。

U R L :http://www.neuroinf.jp/hackathon2016/july.html(随時更新いたします)

主催:

  • ニューロインフォマティクス国際統合機構(INCF)
  • 理化学研究所脳科学総合研究センター 神経情報基盤センター

実行委員会:INCF日本ノード J-Node Hackathonワーキンググループ

  • 加沢 知毅(グループリーダー)東京大学先端科学技術研究センター
  • 池野 英利 兵庫県立大学環境人間学部
  • 古市 貞一 東京理科大学理工学部
  • 浅井 義之 沖縄科学技術大学院大学統合オープンシステムユニット
  • 佐藤 明  東京理科大学理工学部
  • 奥村 嘉宏 理化学研究所BSI神経情報基盤センター
  • 能田 由紀子 ATR-Promotions 脳活動イメージングセンター
  • 山口 陽子  理化学研究所BSI神経情報基盤センター

事務局:理化学研究所  脳科学総合研究センター 神経情報基盤センター

募集人数:30名程度

参加申込締切:2016年7月4日(月) 7日(木)午前中に延長されました 締め切りました。

申込方法:こちらのフォームにご記入いただき、以下のアドレス宛お送りください。

お申込み・お問い合わせ先:office@nijc.brain.riken.jp (神経情報基盤センター事務局)

  • 原則として全日参加の方には宿泊費(2泊3日)及び食事代(23日昼食から25日昼食まで)をサポートいたします。
  • 24日夕食後は懇親会を開催いたします。こちらにつきましては、恐れ入りますが自己負担をお願いいたします(2,100円の予定です)
  • 前泊が必要な方は別途ご相談ください。
  • 旅費(交通費)につきましては自己負担をお願いいたしますが、若干名につきましてサポートを予定しております。
    • 希望された場合は申込フォームにご記入いただいた内容でその実現性と本会の開催趣旨に沿うかどうかの観点から審査をさせていただき、申込締切後一週間程度で結果をお知らせいたします。
  • ご所属先などから旅費(交通費)の支給が可能な場合はお願いできれば大変ありがたく存じます。ご負担いただける場合は申込フォームの該当欄にチェックをお願いいたします。
  • 学生の方のご参加には指導教員のご了承をいただく必要があります。
    • 申込フォームにチェック欄と指導教員のご氏名、ご連絡先の記載欄がございます。
    • また、申込時に指導教員のメールアドレスをCCに入れていただきますようお願いいたします。
  • 成果物の公開方針は以下となります。
    • あるソフトウェアプラットフォーム上での開発の場合、ライセンスはオリジナルのものに従います。
    • 新規の独自開発の場合は、基本的にオープンソースとして J-Nodeソフトウェアセンターや GitHub などの公開リポジトリにてコードを公開・管理します。
      • ただし、研究倫理等により一部公開できない場合と考えられる場合はご相談ください。
    • 成果物の著作権は開発者に帰属しますが、INCF 日本ノード(神経情報基盤センター)またはINCFの活動成果として扱います。
    • 当日の発表でご紹介・ご発表いただいた講演資料についても開発物と同様に可能範囲で J-Node HackathonのWeb サイトにて公開します。
  • 発表、資料ともに英語で行います。また成果報告で英語資料作成もしくは英語発表をお願いする可能性があります。
  • 部分参加のご希望がありましたらご相談ください。

Schedule

    
Day Hour Title Presentors

7/23

 

10:30

Venue : Shonan Village Center

Conference Room 2

10:30

Opening

 

Tomoki Kazawa(The University of Tokyo)
10:30~11:00 Estimation of gene expression pattern by registration of ISH images into the 3D standard brain atlas Hidetoshi Ikeno (University of Hyogo)
11:00~11:30 Brain Image Analysis Pipeline on NIJC’s Brain/MINDS Research Platform

Alexander Woodward (RIKEN)

11:30~12:00 ①NIDM Motivation and examples (linked data - why for neuroimaging?) 
(short break)
②Tutorial: 
  ・ RDF / (mention OWL)  
  ・ SPARQL  (example of a hard query with SQL)

1. Jean-Baptiste Poline

2. Nolan Nichols, Satrajit Sujit Ghosh

12:30~13:30 Lunch
13:30~14:30 short presentation
1. Terms and internationalization
 ‐A quick intro to ontologies
 ‐How to take Japanese vocabulary and link to other lexicons - how do you use standard ontologies
 -Create an interface to have people contribute with new terms / curate terms
2. How to turn an excel spreadsheet into a query-able data model
‐Data sources -> NIDM/RDF object models
  ‐Examples SimpleData example:
   https://github.com/incf-nidash/nidm/tree/master/nidm/nidm-experiment/simpledata_example_ohbm_hack_2016
  ‐Example ABIDE/FBIRN assessment example:
   https://github.com/incf-nidash/nidm-training/tree/master/use-cases
  ‐Linking Data/Integration Queries
   https://github.com/incf-nidash/nidm-training/blob/master/use-cases/integration-queries/ABIDE_FBIRN_Query.ipynb
3. NIDM workflow
 ‐An example of how provenance is captured
 ‐Taking Dave’s output and launch a workflow
 ‐Show how to construct your own workflow provenance
 ‐What are the vizualization tools for RDF graphs ?

1. Satrajit Sujit Ghosh

2. David Keator

3. Nolan Nichols, Satrajit Sujit Ghosh

14:30~15:00

Flash Talk

 
15:30~16:30

Group discussion

 

16:30~17:00 Presentation  of each group about the direction of the development  and training in the hackathon
17:00~18:00 Development or Training
18:00~19:00 Dinner
19:00~ Development or Training (seminar room can be used during night time)

7/24

 

7:30~9:00 Breakfast
9:00~12:00 Development
12:00~13:00 Lunch
13:00~17:00 Development
17:00~18:00 Short presentations for those who want to present updates on the projects
18:00~19:00 Dinner
19:00~21:00 Social Gathering
21:00~ Development (seminar room can be used during night time)

7/25

 

7:30~9:00 Breakfast
9:00~12:00 Development
12:00~13:00 Lunch
13:00~15:00 Development
15:00~16:45 Presentation time (Report of activity in the hackathon)
17:00 Closing

テーマ

              
Team Member Wrap up
Integration of Database Catalogue in RDF among NIDM, NIJC and RIKEN Hiroshi Masuya, Norio Kobayashi, Yoko Morii, Nolan Nichols, Daivd Keator, JB Poline PDF
ISH Image Processing Kosuke Arase, Daisuke Miyamoto PDF
Team Registration Hidetoshi Ikeno, Daisuke Miyamoto PDF
JP Linker for IVB-PF Yusuke Mori, Hideki Kashioka, Takeshi Takeuchi PDF
Ontology-Based Search Server team Yoshiyuki Asai, Kyota Kamiyoshi PDF
RDFisation of existing brain databases Norio Kobayashi PDF
RDF Data Integration Experiments David Keator, Nolan Nichols, JB Poline PDF
Overlay approach to reconstruct noisy motion data Satoshi Oota PDF
Improvement of Japan Node Software Center Yoshihiro Okumura, Takayuki Kannon(Online) PDF
Web 3D brain viewer team Tomoyuki Kubota, Mitsuaki Tsukamoto, Keiji Matsuda PDF
Electron Microscopy Image Segmentation using Nipype and OpenCV on an HPC Torsten Bullmann, Alexander Woodward PDF
Nipype training and provenance Satrajit Ghosh, Shuntaro Aoki, Daisuke Miyamoto, Alexander Woodward, Torsten Bullman PDF
Automatic database manipulation team Tomoki Kazawa, Yoshihiro Okumura PDF
Nipype Users team Shuntaro Aoki, Daisuke Miyamoto PDF

その他資料

● 開催後アンケート
プリンタ用画面

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