J-Node Hackathon 2016 April

一日目(4/9)は主にアイデアソンとして講演会の後、各参加者に開発したい/してほしいソフトウェアの方向性をアピールするような短いプレゼンテーションをしていただきます。その後、グルーピング、discussionと方向決定を行います。二日間で開発を行い最後に簡単なプレゼンテーションをしていただきます。基本的に宿泊費と食事代はサポートさせていただく予定です。なお、ここで開発したソフトウェアはINCF日本ノードを中心としたニューロインフォマティクスの発展に資するものとして基本的に公開をお願いしております。(何らかのご事情がある場合はご相談ください)

また開発資料として前回のアイデアソンの公開資料なども活用ください。http://www.neuroinf.jp/bah2015/ideathon.html

開催終了いたしました。ご参加いただきました皆様ありがとうございました。

概要

開催日:2016年4月9日(土)10:00開始~11日(月)16:30終了予定(終了)

    9日はアイデアソンを行い、その後開発を行います

場 所:公益財団法人大学セミナーハウス (八王子市下柚木1987-1)

    https://iush.jp/      アクセス https://iush.jp/access/

募集人数:20名程度   

参加申込締切:2016年3月11日(金)締切が3月22日(火)に延長になりました。 締め切りました

申込方法: こちらのフォームにご記入いただき、以下のアドレス宛お送りください。

お申し込み・お問い合わせ先:office@nijc.brain.riken.jp (神経情報基盤センター事務局)

※原則として全日参加の方には宿泊費(2泊3日)食事代(9日昼食から11日昼食まで)をサポートいたします。前泊が必要な方は別途ご相談ください。

 旅費につきましては自己負担でお願いいたしますが、若干名につきましてサポートを予定しております。

      希望された場合は申込フォームにご記入いただいた内容でその実現性と本会の開催趣旨に沿うかどうかの観点から審査をさせていただき、

  申込締切後一週間程度で結果をお知らせいたします。

 ※学生の方のご参加には指導教員のご了承をいただく必要があります。

  申込フォームにチェック欄と指導教員ご氏名、ご連絡先の記載欄がございます。

  また、申込時に指導教員のアドレスをCCに入れていただきますようお願いいたします。

 ※発表資料は英語、発表については日本語で行います。成果報告で英語資料作成もしくは英語発表をお願いする可能性があります。

 ※部分参加のご希望がありましたらご相談ください。

スケジュール

時間 タイトル 講演者

4/9

 

10:00 大学セミナーハウス 記念館セミナー室B 集合
10:00~10:30 Brain Atlas Hackathonまとめ 加沢知毅(東京大学) 
10:30~11:00 ブレインアトラスハッカソン2015における成果とその発展について 松田圭司(産業技術総合研究所)
11:00~11:30 BAH ヴューワ について

於保祐子(理研/BReNt-ブレインリサーチネットワーク)

上村周平(上村ソフトウェア)

11:30~12:00 Garuda Platformについて

浅井義之(沖縄科学技術大学院大学)

Samik GHOSH(システムバイオロジー研究機構)

Nikolaos TSORMAN(システムバイオロジー研究機構)

12:00~13:00 昼食
13:00~13:30 神経系遺伝子オントロジーの作成および関連ツールの開発 佐藤明(東京理科大学)
13:30~14:00 理研データベース基盤構築のためのハッカソンの効果的な活用 小林紀郎(理化学研究所)
14:00~14:30 NIDM連携について

柏岡秀紀(情報通信研究機構 脳情報通信融合研究センター)

森井陽子(理化学研究所)

14:30~18:00 フラッシュトークとディスカッション
18:00~19:00 夕食
19:00~22:00 開発

4/10

 

8:00~9:00 朝食
9:00~12:00 開発
12:00~13:00 昼食
13:00~16:45 開発
16:45~19:00 意見交換会(準備含む)
19:00~22:00 開発

4/11

 

8:00~9:00 朝食
9:00~12:00 開発
12:00~13:00 昼食
13:00~15:00 開発
15:00~16:30 成果物プレゼンテーション
16:30 終了

アイデアソン講演者

 
タイトル 講演者 概要 発表資料
Brain Atlas Hackathonまとめ 加沢知毅
(東京大学)
  PDF
BAH ヴューワ について 於保祐子
(理化学研究所、BReNt-ブレイン リサーチ ネットワーク)
BAH 2D/3D registration  班のアクティビティーの結果を表示する、新しい脳地図ヴューワについて紹介し、ニューロインフォマティクス・コミュニティーに役立つ viewer に何が必要か検討したい。 PDF

ViBrism 3D Viewer での描画処理

上村周平
(上村ソフトウェア)
WebGLで実装されたViBrism 3D
Viewerで行っている描画処理の幾つかを紹介する。断面・等値面を使って複数のデータを重ねあわせて同時に可視化するための考慮点と描画方法について解説する。
PDF
神経系遺伝子オントロジーの作成および関連ツールの開発 佐藤明
(東京理科大学)
神経系遺伝子を軸として、関連する多重スケールの情報やデータ(分子・細胞・解剖・生理・回路・システム・行動・疾患など)を体系化し、各種データベースやプラットフォームで有用な関連ツールの開発を行う。 PDF
Hackathon mediated practical technology development for the RIKEN's database infrastructure 小林紀郎
(理化学研究所)
理研の生命科学系データの公開、連携、共有を推進するため、理研情報基盤センターではデータ構造の検討やツールの共同開発などをハッカソンを活用し効果的に行ってきた。理研メタデータベースと呼ぶセマンティックウェブ準拠のデータベース基盤構築を中心に事例紹介する。 PDF
Garuda Platform: Re-imagining connectivity in medicine Samik GHOSH
(システムバイオロジー研究機構)
With the explosion of data in different dimensions of drug discovery, biomedicine and healthcare, a key challenge is the ability to connect the disparate data sources, discover the right analytics tools for a specific analysis and navigate through inter-operable analytics to provide executable insights. Garuda is an open, community-driven, platform that provides a framework to discover, connect & navigate through different applications on devices as well as in the cloud. We provide an overview of the Garuda platform, the alliance eco-system and a brief demonstration of the platform in action together with its various components. Specifically, we focus on case studies of the application of Garuda platform in drug discovery pipelines - in discovery research, translational research as well as analysis of clinical data. We demonstrate a case study of how different sensors, wearables and monitoring devices are connected on Garuda to aggregate signals, analyze data-points and identify patterns to enable decision-making. We summarize with a vision on re-imagining connectivity in the age of digital medicine, healthcare and beyond.

PDF

Hands on tutorial on the creation of a Garuda Gadget Nikolaos TSORMAN
(システムバイオロジー研究機構)
In this session we will examine the steps necessary for the creation of a Garuda gadget. First the structure of the gadget folder will be explained and what changes are necessary according to the type of the gadget to be constructed. On the second part of the session, there will be a hands on demo on how to create a sample Ontology Garuda gadget using the JAVA API. Also a demonstration will be done on how to convert an existing algorithm to a Garuda gadget using the Garuda Algorithm Builder.

PDF

ブレインアトラスハッカソン2015における成果とその発展について 松田圭司
(産業技術総合研究所)
我々は、ブレインアトラスハッカソン2015において、Web上におけるボリュームデータ表示システムの機能拡充を図った。本発表では、3日間という短い時間の中で成果を残すため行った戦略と今後の課題設定について述べる。 PDF
PhysioDesigner プロジェクトにおける多階層モデリングならびに関連技術 浅井義之
(沖縄科学技術大学院大学)
神経細胞やネットワーク、あるいは心臓や膵臓など、生理機能の多階層モデルの構築を支援するPhysioDesigner と、関連技術を紹介する。 PDF
Advantage of NIDM utilization from NIMG-PF 柏岡秀紀
(情報通信研究機構 脳情報通信融合研究センター/NIMG-PF 委員長)
現在、活動しているNIMG-PFの活動を紹介し、その活動においてNIDMの利用を考えた際のNIDMの利点や問題点などについて述べる。 PDF
理研メタデータベースを活用したNeuroimaging Data Model (NIDM)標準化と視覚化 森井陽子
(理化学研究所)
理研メータデータベースを活用したNeuroimaging Data Model (NIDM)の紹介と、登録したメタデータの視覚化ツールについて紹介する。NIDMでは人間のMRIデータの由来に重点を置いて、データ構造やメタデータを定義し、情報取得のためのAPIを提供している。 PDF

フラッシュトーク発表者

タイトル 発表者 発表資料
Self Introduction and Current Research Alexander WOODWARD
(理化学研究所)
PDF
Registration of ISH image for analyzing gene expression pattern 池野英利
(兵庫県立大学)
PDF
Python によるリアルタイムデータビジュアライゼーション 惠本序珠亜
(中部大学)

PDF

J-Node 関連システムと提供できる技術 奥村嘉宏
(理化学研究所)
PDF
3D visualization of brain regions dynamics using mean field approximation streaming data Carlos Enrique GUTIERREZ
(沖縄科学技術大学院大学)
PDF
J-Node Software Center & Development Center 観音隆幸
(金沢大学)
PDF
自己紹介 窪田智之
(東京大学)
PDF
実験データの意味論的記述 前田真秀
(理化学研究所)
PDF
Registration of ISH image for analyzing gene expression pattern 宮本大輔
(東京大学)
PDF
BrainTx ISHデジタルイメージ間で遺伝子の発現強度および発現脳領域を相対的に比較するための考案:参照脳地図の作成、輝度と発現量との相関化、輝度に依存した領域抽出について 宗村信幸
(東京理科大学)
PDF
(自己紹介) 戀津魁
(理化学研究所)
 

Themes

              
Team Member Wrap up
Linking J-node platforms by Garuda team Yoshiyuki Asai, Samik Ghosh, Nikos Tsorman PDF
J Node Software Center Takayuki Kannon, Yoshihiro Okumura PDF
MIV(Metadata Interactive Visualization) Team Hideki Kashioka, Joshua Emoto, Kai Lenz, Yoko Morii PDF
Web 3D brain Viewer group Keiji Matsuda, Alexander Woodward, Carlos Gutierrez, Tomoyuki Kubota PDF
Team Registration Daisuke Miyamoto, Hidetoshi Ikeno, Yuko Okamura-Oho, Yoshihiro Okumura, Nobuyuki Munemura, Akira Sato, Yoko Yamaguchi, Ryohei Kanzaki, Teichi Furuichi PDF
Brain/MINDS Metadata-database Development Team Masahide Maeda, Norio Kobayashi PDF

その他資料

● 開催後アンケート
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