ブレインアトラスハッカソン2015

Brain Atlas Ideathon/Hackathon(BAH2015)はINCF日本ノードが主催する、
脳神経データベースと脳アトラスを結びつけるための情報共有と共同ソフトウェア開発を行うイベントです。

開催概要

  • リーフレット
  • 日程:2015年9月5日(土)~ 9月7日(月)
  • 場所:理化学研究所 脳科学総合研究センター東棟
  • 主催:INCF日本ノード ブレインアトラスワーキンググループ
    • グループリーダー:加沢 知毅(東京大学先端科学技術研究センター)
    • 事務局:理化学研究所脳科学総合研究センター 神経情報基盤センター
  • 参加申込締め切り:2015年9月3日 15:00まで,若干名(延長されました) 開催終了のため現在は受け付けておりません
  • お問い合わせ先:office@nijc.brain.riken.jp (神経情報基盤センター事務局)

開発グループ

  • 細胞形態抽出班

    リーダ :福田 哲也 (東京大学)
     今回のハッカソンで私達は,神経細胞の三次元画像データからの自動形態抽出に向けたソフトウェア開発を行っていきます. その際には,Zhou et al. 2014の論文を元に,入力画像の前処理を行う,Vaa3Dプラグインを作成します. 扱う画像データについては,神崎高橋研究室のデータベース(BoND)から用意いたします. 開発環境として,Vaa3Dを想定していますので,Qt4.7.1とVaa3Dのコンパイルが必要となります.
  • レジストレーション班

    リーダ : 池野 英利 (兵庫県立大学)
     マウスやマーモセットなどにおいて,in situ hybridization法等で得られた脳画像(2D画像)を,予め脳領域情報を持っている標準脳(3D画像)へレジストレーションを行う方法を開発します.この技術は,脳内における遺伝子発現領域を同定するために利用できるだけでなく,モダリティの異なる脳画像の統合に活用できるものです.
  • Web3D班

    リーダ : 前田 真秀 (理化学研究所)
     Web上におけるボリュームデータ表示システムの機能拡充(対応ファイル形式拡充,レジストレーション技術を用いたアノテーション情報の異個体データへのマッピング)を目指す.(参考URL http://flybrain.iam.u-tokyo.ac.jp/flydb091226/php/flydb/index.php
  • Pipeline Team

    リーダ : Alexander Woodward (理化学研究所)
    The automatic processing of big data in neuroscience is becoming increasingly important. We will work on constructing a modular pipeline for brain 3D reconstruction and atlas registration tasks that aims to be streamlined, automated, and repeatable. Interfacing with common 2D and 3D viewers will also be included and a goal is to make a system that can be useful for non-experts.
  • データベース自動処理班

    リーダ : 加沢 知毅 (東京大学)
     PF上のデータを分析してPFに解析データを付け加える仕組みを作ろうと思っています.具体的にはIVB-PF上でいくつか登録されている細胞形態(SWC)データをローカルにダウンロードしてpythonベースで解析を行い,処理した結果をPFに登録しなおすという一連のシステムを試作する予定です.

スケジュール

  • 9月5日(土)
    • 10時 : 理化学研究所BSI東棟1階セミナー室 集合
    • 10時~12時 : 自己紹介,ディスカッション,グループごとプレゼンテーション
    • 13時~19時 : 各自開発
  • 9月6日(日)
    • 9時~12時 : 各自開発
    • 13時~14時 : グループごとプレゼンテーション
    • 14時~19時 : 各自開発
  • 9月7日(月)
    • 9時~15時 : 各自開発
    • 15時~17時 : 成果物プレゼンテーション

当日情報

その他資料

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